Desde “muito novo” que Francisco Marques sente o “chamamento do sacerdócio”. Pertence a uma família praticante e a entrada num grupo de acólitos de Aveiro, com 12/13 anos, foi um “ponto de viragem” na sua vida. Aos 16 anos entrou no pré-seminário em Aveiro e aos 18 mudou-se para Roma, Itália – e foi aí, durante uma “experiência vocacional” no seminário, que tomou a decisão definitiva de devotar a sua vida à Igreja.
Em território romano frequenta, além do seminário, a Universidade de Santa Cruz, da Opus Dei, para onde entrou pela mão de um sacerdote italiano que conheceu em Fátima e onde estuda Filosofia. Seguir-se-á Teologia, conta ao Diário de Aveiro durante uma visita à sua cidade-natal para a quadra natalícia.